天启二年，倪元璐成进士，改庶吉士，授编修。倪元璐、黄道周、刘理顺俱为名臣袁可立门生，死事最为悲壮，天下公认忠烈。倪元璐、黄道周、王铎皆于天启二年成进士，其时孙承宗、袁可立等为考官，后二公联兵抗清共筑辽海屏障，且二公皆不为阉党所喜，时人有指其为孙党者自此始。元璐曾为袁可立撰有《袁节寰大司马像赞》，言语间充溢着对先师的敬仰。册封德府，移疾归。还朝，出典江西乡试。暨复命，则庄烈帝践阼，魏忠贤已伏诛矣。杨维垣者，逆奄遗孽也，至是上疏并诋东林、崔、魏。元璐不能平，崇祯元年正月上疏曰：臣顷阅章奏，见攻崔、魏者必与东林并称邪党。夫以东林为邪党，将以何者名崔、魏？崔、魏既邪党矣，击忠贤、呈秀者又邪党乎哉！东林，天下才薮也，而或树高明之帜，绳人过刻，持论太深，谓之非中行则可，谓之非狂狷不可。且天下议论，宁假借，必不可失名义；士人行己，宁矫激，必不可忘廉隅。自以假借矫激为大咎，于是彪虎之徒公然背畔名义，决裂廉隅。颂德不已，必将劝进；建祠不已，必且呼嵩。而人犹且宽之曰：“无可奈何，不得不然耳。”充此无可奈何、不得不然之心，又将何所不至哉！乃议者以忠厚之心曲原此辈，而独持已甚之论苛责吾徒，所谓舛也。今大狱之后，汤火仅存，屡奉明纶，俾之酌用，而当事者犹以道学封疆，持为铁案，毋亦深防其报复乎？然臣以为过矣。年来借东林媚崔、魏者，其人自败，何待东林报复？若不附崔、魏，又能攻去之，其人已乔岳矣，虽百东林乌能报复哉？臣又伏读圣旨，有“韩爌清忠有执，朕所鉴知”之谕。而近闻廷臣之议，殊有异同，可为大怪。爌相业光伟，他不具论，即如红丸议起，举国沸然，爌独侃侃条揭，明其不然。夫孙慎行，君子也，爌且不附，况他人乎！而今推毂不及，点灼横加，则徒以其票拟熊廷弼一事耳。廷弼固当诛，爌不为无说，封疆失事，累累有徒，乃欲独杀一廷弼，岂平论哉？此爌所以阁笔也。然廷弼究不死于封疆而死于局面，不死于法吏而死于奸珰，则又不可谓后之人能杀廷弼，而爌独不能杀之也。又如词臣文震孟正学劲骨，有古大臣之品，三月居官，昌言获罪，人以方之罗伦、舒芬。而今起用之旨再下，谬悠之谭不已，将毋门户二字不可重提耶？用更端以相遮抑耶？书院、生祠，相胜负者也，生祠毁，书院岂不当修复！

　　元璐历迁南京司业、右中允。四年，进右谕德，充日讲官，进右庶子。上制实八策：曰间插部，曰缮京邑，曰优守兵，曰靖降人，曰益寇饷，曰储边才，曰奠辇毂，曰严教育。又上制虚八策：曰端政本，曰伸公议，曰宣义问，曰一条教，曰虑久远，曰昭激劝，曰励名节，曰假体貌。其端政本，悉规切温体仁；其伸公议，则诋张捷荐吕纯如谋翻逆案事。捷大怒，上疏力攻，元璐疏辨，帝俱不问。八年，迁国子祭酒。

　　元璐雅负时望，位渐通显。帝意向之，深为体仁所忌。一日，帝手书其名下阁，令以履历进，体仁益恐。会诚意伯刘孔昭谋掌戎政，体仁饵孔昭使攻元璐，言其妻陈尚存，而妾王冒继配复封，败礼乱法。诏下吏部核奏，其同里尚书姜逢元，侍郎王业浩、刘宗周及其从兄御史元珙，咸言陈氏以过被出，继娶王非妾，体仁意沮。会部议行抚按勘奏，即拟旨云：“登科录二氏并列，罪迹显然，何待行勘。”遂落职闲住。孔昭京营不可得，遂以南京操江偿之。

　　兵部右侍郎兼侍读学士

　　十五年九月，诏起兵部右侍郎兼侍读学士。明年春抵都，陈制敌机宜，帝喜。五月，超拜户部尚书兼翰林院学士，仍充日讲官。祖制，浙人不得官户部。元璐辞，不许。帝眷元璐甚，五日三赐对。因奏：“陛下诚用臣，臣请得参兵部谋。”帝曰：“已谕枢臣，令与卿协计。”当是时，冯元飙为兵部，与元璐同志，钩考兵食，中外想望治平。惟帝亦以用两人晚，而时事益不可为，左支右诎，既已无可奈何。故事，诸边饷司悉中差，元璐请改为大差，兼兵部衔，令清核军伍，不称职者即遣人代之。先是，屡遣科臣出督四方租赋，元璐以为扰民无益，罢之，而专责抚按。户部侍郎庄祖诲督剿寇饷，忧为盗劫，远避之长沙、衡州。元璐请令督抚自催，毋烦朝使。自军兴以来，正供之外，有边饷，有新饷，有练饷，款目多，黠吏易为奸，元璐请合为一。帝皆报可。时国用益诎，而灾伤蠲免又多。元璐计无所出，请开赎罪例，且令到官满岁者，得输赀给封诰，帝亦从之。

　　在袁可立的门生中，黄道周、倪元璐和刘理顺皆为国殉，名垂千秋。其中元璐素负时望，亦渐获重用， 思宗颇欲用之，然却因此深遭小人所忌，而蒙谗言罢归。元璐自此深知朝政不可为，从此绝意仕途。崇祯十五年（1642）闻清兵入至北京，北京震动，求救兵于天下，元璐毅然尽鬻家产以征兵，募得死士数百人，驰赴北京。并向思宗陈述制敌之法，思宗拜为户部尚书，深恨不能早日用之。十七年二月，命以原官专直日讲。逾月，李自成陷北京。城陷之日，元璐整衣冠拜阙，大书几上曰：“以死谢国，乃分内之事。死后勿葬，必暴我尸于外，聊表内心之哀痛。”遂南向坐，取帛自缢而死。

　　与黄道周

　　“黄、倪二人是袁可立的得意弟子，又同朝为官，更重要的是二人在书法字画等共同志趣方面最为契合。······在得知倪元璐因袁可立辞官自己也要请辞后，黄道周和陈彦升、陈子龙等人，来倪元璐家中劝阻。”（闽南师范大学 王翔《黄道周诗歌研究》）