明正德九年(1514年),甲戌进士,授薛蕙刑部主事。
正德十四年(1519年)六月,宁王朱宸濠叛乱,史称宸濠之乱。虽然佥都御史王守仁在七月底即平定叛乱,武宗仍然隐瞒战功,而自封“镇国公”以平乱为由,同年,八月开始南巡。薛蕙因谏武宗皇帝南巡,受廷杖夺俸,引疾归里。同年,薛蕙将牡丹从洛阳、许州引种至亳州。
正德十五年(1520年)薛蕙再次被起用,任吏部考功司郎中。
嘉靖二年(1523年),朝中发生“大礼”之争,薛蕙撰写《为人后解》《为人后辨》等万言书上奏,反对皇上以生父为皇考,招致皇帝大怒,被捕押于镇抚司后赦出。
嘉靖十八年(1539年)薛蕙担任春坊司直兼翰林检讨司,不久病死家中,享年五十。
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