查继佐出身于小地主家庭。他五岁开始跟父亲读四书，七岁跟母亲学诗。他的母亲沈氏是处士沈宗武的女儿，通音韵反切之学，工诗文。查继佐学习十分刻苦。十一岁时，他在临近一个学馆就读，午间不能回家吃饭，早晨要带粉饵去作为午餐。他往往一面走路，一面高声朗诵读过的书，有时把粉饵撒在沿路都全然不知。十二岁时，他到远处读书，住在学馆，要自己做饭吃。由于他努力学习，十五岁就“文誉日起”。

　　二十岁时，查继佐家道中落，开始在当地做塾师维持生活。由于他声誉很高，富家望族都抢着聘请他。他一面教书，一面读书。三十三岁时，他考中举人后，寄居西湖南屏，读书，讲学，直到明朝灭亡，方怀着“亡国”的隐痛，回到自己的家乡。

　　查继佐不仅是一个学问渊博，在史学上很有成就的学者，而且是一个具有高度民族气节的抗清志士。公元1645年闰六月，鲁王朱以海在绍兴称“监国”。他听到消息后，毅然渡江去参加了鲁王政府。他在鲁王政府，初任兵部职方主事，监郑义兴军，后迁职方员外兼御史监军，官至兵部职方司郎中。在鲁王监国的一年中，查继佐在浙东地区亲自率军抗击清军。多有所获。为了西征，他费尽心血。亲自组织兵力，派人设间行探，秘密联络太湖等地义旅，互相接应。可惜当时鲁王政府内部分裂，政治腐败。他的主张处处遭到掣肘，未能实现。

　　公元1646年六月，清军攻占绍兴，鲁王政府复亡，查继佐辗转回到家乡海宁，发愤著书立说。公元1652年，查继佐52岁，离家到西湖觉觉堂讲学，旋又主讲杭州铁冶岭之敬修堂。各省学子不远千里前来就学，成一时讲学之盛。从此，查继佐一面讲学，一面著书，一直到去世。

　　查继佐一生写过很多种书。沈起《查东山年谱》说查继佐“全集一百二十册，约八千余页”。其中大部分是历史书，特别是关于明清易代之际的历史书。可惜大部分已经散佚，现流传下来的只有《罪惟录》、《鲁春秋》、《东山国语》，《钓业》数种而已。

　　野史小说中记载的查继佐与吴六奇

　　清代文学家钮琇的《觚剩》一书中有《雪遘》一文，记载查继佐独酌赏雪，见一乞丐破衣烂衫却气宇轩昂，便招其同饮，后又赠寒衣，勉其自强。入清后，此丐积军功官至提督，专诚邀查赴任所，后赠宅邸以报当年一酌之恩，并送一座名为英石峰的奇石给查继佐，此石改名为皱云峰，后世誉为江南三大名石。

　　清代文学家蒲松龄《聊斋志异》有《大力将军》一则，叙查伊璜遇吴六奇，称吴六奇为“吴六一”：“后十余年，查犹子令于闽，有吴将军六一者，忽来通谒”，记载查继佐在一庙内看见吴六奇单手可以升起庙内的大钟，并取出藏在钟内的剩饭，惊为奇人，认为他在这个乱世应该报效社会，使其异能得以发挥。尔后，中国改朝换代，而吴六奇官至水陆提督，衣锦荣归后向查继佐道谢。

　　除此之外，在清代徐珂的《清稗类钞》、王士祯的《香祖笔记》、蒋士铨的《雪中人》、《铁丐传》，以及郑昌时的《韩江闻见录》等作品中，都有相似的的记载描述。

　　初，吴六奇微时曾行乞盐官，查继佐见其有勇力，迭与痛饮，赠资助归。后吴六奇从军，官至提督，不忘旧恩。查氏蒙难，竭力营救。曾迎查到广东小住，曾助其翻建住宅。吴六奇并访得奇石绉云峰，由海路运来袁花查宅。绉云峰为江南三大名石之一，百余年来历经变迁，今屹立于杭州花圃之江南名石园中。

　　至于庄廷鑨明史案，普遍认为是吴六奇搭救了查继佐。蒲松龄《聊斋志异》中“大力将军”一则，叙查伊璜遇吴六奇，结语说：“后查以修史一案，株连被收，卒得免，皆将军力也。”评语称：“厚施而不问其名，真侠烈古丈夫哉。而将军之报，慷慨豪爽，尤千古所仅见。如此胸襟，自不应老于沟渎。以是知两贤之相遇，非偶然也。”《觚剩》一书中叙此事云：“先是苕中有富人庄廷鑨者，购得朱相国史稿，博求三吴名士，增益修饰，刊行于世，前列参阅姓氏十余人，以孝廉夙负重名，亦借列焉。未机私史祸发，凡有事于是书者，论置极典。吴力为孝廉奏辩得免。”（相关情节，在金庸小说《鹿鼎记》第一回“纵横钩党清流祸 峭茜风期月旦评”中也有描写，至于吴六奇为天地会香主等情节，自然是小说家的虚构了。）

　　当事人的否认与后世的质疑

　　野史笔记称查继佐曾救助吴六奇，前者在明史案报恩营救后者，也称查继佐获释后沉迷声色，眷养十二名女优，教习歌舞，终日嬉乐。但是真实情况却并非如以上小说家、野史家所言。《查继佐年谱》里，查继佐自己否认有此事，说：“葛如，方布衣野走，世传余有一饭之恩，怀之而思报。其实无是也。是则公在时已传其事，故公为之辨。”。乾隆时诗论家吴骞在《拜经楼诗话》中也认为此传闻事不可靠。